Setelah Proklamasi 17 Agustus 1945 Pengadilan Negeri Wonosari hanya merupakan cabang (tempat persidangan) dari Pengadilan Negeri Yogyakarta, sehingga semua personil ada di bawah Pengadilan Negeri Yogyakarta. Gedung Pengadilan Negeri Wonosari baru didirikan pada tahun 1951. Gedung tersebut digunakan bersama-sama dengan Kejaksaan Negeri Wonosari sampai dengan tahun 1975. Dengan SK Menteri Kehakiman tanggal 12 Agustus 1965, No. JB I/13/16 tentang Pembentukan Pengadilan Negeri di Wonosari. Sejak itu Pengadilan Negeri Wonosari dinyatakan berdiri sendiri. Peresmian Pembukaan Pengadilan Negeri Wonosari dilaksanakan pada tanggal 27 September 1967.
Pengadilan Negeri Wonosari sejak tanggal 1 Agustus 1984 menempati Gedung Baru yang terletak di Jalan Taman Bhakti No.01 Wonosari Telp. (0274) 391384. Dibangun berdasarkan Surat Persetujuan DIPA Tahun Anggaran 1980/1981 No. 38/XIII/3/1980 tanggal 12 Maret 1980.
